Drugi, w tym samym czasie, był jego towarzysz ucieczki Brytyjczyk Christopher Froome (Team Sky), zwycięzca Tour de France w ubiegłym roku. Majka spisywał się bardzo dobrze, przez dłuższą część trasy jechał w ścisłej czołówce. Na 18 km przed metą miał pecha, gdy doszło do kraksy z Francuzem Thibautem Pinotem (FDJ). Polak upadł na torach kolejowych, musiał zmieniać rower i ostatecznie zameldował się na mecie 13., ze stratą dwóch minut do triumfatora. Spore straty poniósł drugi do tej pory w klasyfikacji generalnej Kwiatkowski, który wypadł z czołowej "10" wyścigu. Górski etap rozegrano w trudnych warunkach atmosferycznych; na premiach gęsta mgła poważnie ograniczała widoczność, na zjeździe do mety w Aigle przez prawie 15 km zawodnicy jechali po mokrej, śliskiej nawierzchni. Na zakrętach musieli znacznie zwalniać, gdyż zbyt duża prędkość groziła upadkiem. Spilak i Froome odjechali z peletonu przed górskimi premiami; przewaga tej dwójki nad ścigającą ich grupą w której był Majka, przekraczała jedną minutę. Zjeżdżając do mety utrzymali dobre tempo, wyprzedzili grupę pościgową o 57 s. Na finiszu minimalnie szybszy był Słoweniec, który o jedną sekundę wyprzedza w klasyfikacji generalnej Froome'a. Z pięcioosobowej grupy goniącej dwójkę uciekinierów najszybszy był mistrz świata w wyścigu ze startu wspólnego Portugalczyk Rui Costa. Kwiatkowski, który został sklasyfikowany na etapie na 79. pozycji ze stratą 30.45 do zwycięzcy z pozycji wicelidera spadł na 70. miejsce. Wyścig potrwa do 4 maja i zakończy się czasówką w Neuchatel. Wyniki 3. etapu (Le Bouveret-Aigle, 180,2 km): 1. Simon Spilak (Słowenia/Katiusza) 5:09.23 2. Chris Froome (W. Brytania/Team Sky) ten sam czas 3. Rui Costa (Portugalia/Lampre) 4. Jakob Fuglsang (Dania/Astana) 5. Benat Intxausti (Hiszpania/Movistar) 6. Mathias Frank (Szwajcaria/IAM Cycling) wszyscy strata 57 s ... 13. Rafał Majka (Polska/Tinkoff-Saxo) 2.00 57. Paweł Poljański (Polska/Tinkoff-Saxo) 22.52 78. Sylwester Szmyd (Polska/Movistar) 30.45 79. Michał Kwiatkowski (Polska/Omega Pharma-Quick-Step) 30.45 Klasyfikacja generalna po 3. etapach: 1. Simon Spilak (Słowenia/Katiusza) 11:39.25 2. Chris Froome (W. Brytania/Team Sky) strata 1 s 3. Rui Costa (Portugalia/Lampre) 1.02 4. Vincenzo Nibali (Włochy/Astana) 1.06 5. Mathias Frank (Szwajcaria/IAM Cycling) 1.10 6. Benat Intxausti (Hiszpania/Movistar) 1.13 ... 12. Rafał Majka 2.18 57. Paweł Poljański 23.21 70. Michał Kwiatkowski 30.38 78. Sylwester Szmyd 32.14