56 sekund sekund do zwycięzcy stracił Kolumbijczyk Sergio Henao (Sky), który pozostał liderem. Na ostatnich kilometrach z peletonu odskoczył Michał Kwiatkowski (Etixx-Quick Step), któremu mocno pomagał jego kolega z grupy Niemiec Tony Martin. Polak miał nawet 37 sekund przewagi nad grupą lidera, ale w końcówce został przez niego wyprzedzony i na mecie stracił minutę i osiem sekund do Landy, finiszując na 11 miejscu. Zwycięzca piątego etapu wyprzedził Belga Tima Wellensa (Lotto Soudal) o trzy sekundy, Amerykanina Thomasa Danielsona (Cannnodale-Garmin) o 16, Estończyka Reina Taaramae (Astana) o 28, Francuza Tony'ego Gallopina (Lotto Soudal) o 38. Na szóstym miejscu ze stratą 53 sekund przyjechał Simon Yates (Orica GreenEdge). Brytyjczyk wyprzedził o trzy sekundy Henao, a w klasyfikacji generalnej przesunął się z dziewiątego na trzecie miejsce i traci tylko siedem sekund do Kolumbijczyka. Taki sam czas jak Henao ma drugi Joaquim Rodriguez z Katiuszy, ósmy na piątkowym etapie. Na czwarte miejsce z trzeciego w klasyfikacji generalnej spadł inny Kolumbijczyk Nairo Quintana, który traci 12 sekund do swojego rodaka. Kwiatkowski jest 11. ze stratą 42 sekund, a Rafał Majka (Tinkoff-Saxo) 13. i traci 56 sekund. W sobotę ostatni etap, jazda indywidualna na czas na dystansie 18,3 kilometra wokół miejscowości Aia. Wyniki 5. etapu, Eibar - Aia (155,5 km): 1. Mikel Landa (Hiszpania/Astana) - 4:06.01 2. Tim Wellens (Belgia/Lotto Soudal) 3 s 3. Tom Danielson (USA/Cannondale) 16 4. Rein Taaramaee (Estonia/Astana) 28 5. Tony Gallopin (Francja/Lotto Soudal) 38 6. Simon Yates (Wielka Brytania/Orica) 53 7. Sergio Henao (Kolumbia/Sky) 56 8. Joaquim Rodriguez (Hiszpania/Katiusza) 56 ... 11. Michał Kwiatkowski (Polska/Etixx-Quick Step) 1.08 20. Rafał Majka (Polska/Tinkoff-Saxo) 1.22 53. Paweł Poljański (Polska/Tinkoff-Saxo) 4.27 87. Michał Gołaś (Polska/Etixx-Quick Step) 10.32 klasyfikacja generalna: 1. Sergio Henao (Kolumbia/Sky) - 21:20.48 2. Joaquim Rodriguez (Hiszpania/Katiusza) ten sam czas 3. Simon Yates (Wielka Brytania/Orica) 7 s 4. Nairo Quintana (Kolumbia/Movistar) 12 5. Michele Scarponi (Włochy/Astana) 22 6. Simon Spilak (Słowenia/Katusha) 22 ... 11. Michał Kwiatkowski (Polska/Etixx-Quick Step) 42 13. Rafał Majka (Polska/Tinkoff-Saxo) 56 31. Paweł Poljański (Polska/Tinkoff-Saxo) 11.17 68. Michał Gołaś (Polska/Etixx-Quick Step) 36.30