Oskarżeni będą odpowiadać za "przestępstwo przeciwko zdrowiu publicznemu", polegające na zorganizowaniu siatki zajmującej się dostarczaniem sportowcom środków dopingowych i przeprowadzaniem nielegalnych transfuzji krwi. Proces ma potrwać do 12 marca. Oprócz Fuentesa, na ławie oskarżonych zajęli miejsca jego siostra Yolanda oraz byli szefowie grup kolarskich: Manolo Saiz, Vicente Belda i Jose Ignacio Labarta. Saiz należał do najbardziej znanych dyrektorów sportowych w hiszpańskim peletonie, prowadząc przez wiele lat z sukcesami ekipę Once (później zmieniła nazwę na Liberty Seguros). Belda i jego asystent Labarta pracowali z zespołem Comunidad Valenciana (wcześniej znanym pod nazwą Kelme). Wszystkim oskarżonym grozi kara do dwóch lat więzienia. Ostatecznie akt oskarżenia nie objął dwóch zamieszanych w aferę lekarzy: Alfredo Cordovy, który skorzystał ze specjalnego zwolnienia sądowego, oraz 72-letniego Merino Batresa, cierpiącego na chorobę Alzheimera. Centralną postacią afery Puerto był doktor Fuentes. W dwóch jego mieszkaniach w Madrycie policja w maju 2006 roku zarekwirowała aparaturę do nasycania krwi tlenem, około 200 pojemników z krwią i notatki z zaszyfrowanymi nazwiskami 58 klientów. Afera najmocniej uderzyła w środowisko kolarskie, choć - według słów samego Fuentesa, z których potem się wycofał - mieli być w nią zamieszani także lekkoatleci, tenisiści i piłkarze. Przyspieszyła zakończenie kariery przez znanego niemieckiego kolarza Jana Ullricha i kosztowała dyskwalifikacje innych czołowych zawodników światowego peletonu, m.in. Ivana Basso, Joerga Jaksche, Michele Scarponiego i Alejandro Valverde. W jej kontekście padało również nazwisko dwukrotnego zwycięzcy Tour de France Alberto Contadora, ostatecznie oczyszczonego z zarzutów. Contador ma stawić się przed sądem 5 lutego. Głównym świadkiem oskarżenia jest inny hiszpański kolarz Jesus Manzano, który startował w barwach grupy Kelme od 2004 roku, gdy jej lekarzem był właśnie Fuentes. W śledztwie złożył obszerne zeznania na temat praktyk dopingowych w kolarstwie. Przyznał się też, że sam stosował autotransfuzję, korzystając z zamrożonej własnej krwi. Fuentes odrzucił w całości akt oskarżenia. W przygotowanej na piśmie mowie obrończej, której fragmenty zacytował w sobotę dziennik "El Pais", lekarz zapewnił, że "krew i plazma były zawsze przechowywane w idealnych warunkach" i że "żaden ze sportowców w tej sprawie nie doznał uszczerbku na zdrowiu". Proces wywołał ogromne zainteresowanie mediów. Akredytowało się ponad 70 dziennikarzy, którzy liczyli na to, że wysłuchają w poniedziałek zeznań Fuentesa, ale omawianie kwestii technicznych zajęło tak wiele czasu, że przesłuchanie głównego oskarżonego przełożono na wtorek.