Krzysztof Pilarz był związany z Cracovią od sezonu 2012/2013, przyszedł z Korony Kielce. Był podporą ekipy "Pasów", która w czerwcu 2013 roku wywalczyła awans do Ekstraklasy. Od lipca 2014 roku Pilarz pełnił funkcję kapitana drużyny. W sumie rozegrał w Cracovii 117 oficjalnych spotkań. Przez ponad 3 lata gry w Cracovii Krzysztof Pilarz dał się poznać jako bramkarz, który wielokrotnie ratował zespół przed stratą bramki. W bieżącym sezonie stracił miejsce w składzie na rzecz Grzegorza Sandomierskiego. Z końcem czerwca wygasał jego kontrakt z Cracovią. Teraz wzmocnił beniaminka Termalicę Bruk-Bet Nieciecza. O miejsce w bramce będzie rywalizował z Sebastianem Nowakiem i Andrzejem Witanem.Po rundzie jesiennej jego nowy zespół zajmuje 11. miejsce w tabeli.