Czech trafił do Legii w styczniu 2020 roku, a najbardziej udanym w jego wykonaniu był sezon 20/21. Legia zdobyła wtedy mistrzostwo, a snajper zdobył 22 gole, co dało mu koronę króla strzelców ligi. Tomas Pekhart odchodzi z Legii Łącznie w 89 meczach dla Legii Pekhart zdobył 38 goli i dołożył 4 asysty. Ma też na koncie dwa złote medale za mistrzostwo Polski.