Przykrej kontuzji Małkowski nabawił się podczas wykopywania piłki, 11 sierpnia 2012 roku, w meczu 1/16 finału Pucharu Polski w Łęcznej z Bogdanką. 5 września piłkarz przeszedł w Gdańsku operację rekonstrukcji uszkodzonych więzadeł.- Lekarze twierdzili, że do treningu będą mógł wrócić dopiero w lutym. Tymczasem już w grudniu zacząłem biegać, a na obozie we Władysławowie, który rozpoczął się 14 stycznia, normalnie trenowałem z zespołem. I w środę wystąpiłem w drugiej połowie sparingowego meczu z Gryfem Wejherowo. Jak widać oszukałem medycynę - ocenił Małkowski.Bramkarz Lechii zapewnia, że po tym spotkaniu nie odczuwa żadnych skutków sierpniowego urazu. "Czuję się znakomicie, zarówno pod względem fizycznym jak i psychicznym. Najważniejsze, że wróciłem na boisko, bo nie mogłem już doczekać się występu w koszulce Lechii. W trakcie rehabilitacji pilnowałem się i, zamiast przytyć, nawet schudłem o 1,5 kg" - przyznał.- W przypadku takich urazów ważne są dwie rzeczy - najpierw trzeba dobrze przeprowadzić operację, a następnie umiejętnie poprowadzić rehabilitację. Jak widać u Sebastiana te dwa elementy idealnie się zgrały. Zresztą w Lechii nie tylko Małkowski szybko wrócił do gry. Niespełna 18-letni Bartłomiej Smuczyński, który również w zbliżonym okresie zerwał więzadła krzyżowe, także wystąpił w meczu z Gryfem - wyjaśnił koordynator sztabu medycznego gdańskiego klubu Robert Dominiak.Małkowski będzie zatem mógł podjąć z Michałem Buchalikiem rywalizację o miano bramkarza numer jeden gdańskiego zespołu. Z podobnymi ambicjami musi się jeszcze wstrzymać Bartosz Kaniecki, który pod koniec października, w konfrontacji z Podbeskidziem w Bielsku-Białej, złamał rękę.