Skrzypczak nie był podstawowym graczem "Kolejorza", ale dalekim rezerwowym. Zdecydowanie więcej spotkań rozegrał w tym sezonie w drugoligowym zespole rezerw Lecha. W ekipie Macieja Skorży wystąpił za to we wszystkich pięciu spotkaniach w drodze do finału Pucharu Polski, a jego zespół nie stracił w tym czasie ani jednej bramki. W tych rozgrywkach zawsze musi być na boisku dwóch młodzieżowców, a wysoki obrońca jeszcze w tym sezonie miał taki status. Do mistrzostwa Polski przyczynił się dwoma występami - najpierw w końcówce wyjazdowego spotkania z Pogonią Szczecin w lutym (3-0), a ostatnio 90 minutami spędzonymi na boisku w starciu z Zagłębiem Lubin (2-1). Mateusz Skrzypczak debiutował w Białymstoku. Teraz tam wraca Skrzypczak jest wychowankiem Lecha, synem obecnego kierownika pierwszej drużyny Mariusza, zresztą bardzo mocno emocjonalnie związanym z klubem i jego kibicami. Niejednokrotnie zdarzało mu się wspierać zespół z Kotła, jeździł na wyjazdy jako kibic - i to od najmłodszych lat. W trakcie sobotniego meczu z Zagłębiem Lubin ultrasi Lecha wywiesili nawet transparent z życzeniami powodzenia w dalszej karierze. W przeszłości był mistrzem Polski juniorów młodszych i juniorów, w Ekstraklasie zadebiutował jako 18-latek. Trzy lata temu szansę dał mu Dariusz Żuraw w samej końcówce meczu w... Białymstoku z Jagiellonią, który Lech zremisował 3-3. Łącznie w najwyższej lidze rozegrał siedem spotkań. Mateusz Skrzypczak mógł trafić do Jagiellonii już w lutym Skrzypczak przeszedł do Jagiellonii na zasadzie wolnego transferu - jego umowa w Lechu wygasała wraz z końcem sezonu. W Białymstoku podpisał dwuletni kontrakt z opcją przedłużenia o kolejnych 12 miesięcy. - O zainteresowaniu ze strony Jagiellonii słyszałem już ponad rok temu, a pierwsze konkretne rozmowy pojawiły się zimą. Było blisko transferu już w lutym, bo Jagiellonia chciała sfinalizować transfer w ostatnim dniu okienka. Zabrakło jednak czasu i zgody Lecha - mówił Skrzypczak na stronie Jagiellonii. - W Lechu nie grałem za dużo, nie jestem doświadczonym mistrzem Polski. Przeżyłem piękne chwile, a z transferem do Jagiellonii wiążę duże nadzieje - dodał.