Janusz Filipiak zasłabł 30 września. W stanie krytycznym trafił do szpitala, ale nie było żadnych informacji dotyczących jego zdrowia. Płynęły tylko sygnały - zarządzanie firmą Comarch przejęła córka profesora, a klubem żona Filipiaka. Ponad 2,5 miesiąca później, 17 grudnia, Comarch poinformował w komunikacie o śmierci założyciela firmy, a także m. in. właściciela Cracovii. "Ubolewamy nad stratą tej bardzo szczególnej postaci, wyjątkowego umysłu i wizjonera, który w niepowtarzalny sposób zasłużył się dla rozwoju polskiego przemysłu informatycznego". Natychmiast zareagował klub. "Z głębokim smutkiem informujemy o śmierci prof. Janusza Filipiaka, prezesa Cracovii, współzałożyciela Comarchu, wybitnego polskiego uczonego, przedsiębiorcy i pasjonata piłki nożnej. Ubolewamy nad stratą tej bardzo szczególnej postaci, wyjątkowego umysłu i wizjonera, który w niepowtarzalny sposób zasłużył się dla rozwoju polskiego przemysłu informatycznego. Pan Profesor pozostanie w sercach całego zespołu Cracovii i wszystkich współpracowników." Śmierć właściciela Cracovii sprawiła, że zareagowało sportowe środowisko w Polsce. Między innym kondolencje złożył Zbigniew Boniek, legenda reprezentacji Polski i były prezes PZPN. "Smutek i żal. Kondolencje dla najbliższych. Wielka szkoda. RIP Prezesie" - napisał, a potem jeszcze dodał: "i jeszcze jedno- nikt nie kochał Cracovii tak mocno jak On." Kondolencje złożyła także m. in. Wisła, a także wielu polskich klubów, związków i ludzi związanych ze sportem. "Składamy bliskim śp. Janusza Filipiaka oraz wszystkim osobom związanym z Cracovią głębokie wyrazy współczucia" - napisała Wisła.