W lutym 2009 roku Pechstein została oskarżona o stosowanie dopingu przez Międzynarodową Unię Łyżwiarską (ISU) i zawieszona na dwa lata. Odwołanie do Międzynarodowego Trybunału Arbitrażowego ds. Sportu (CAS) w Lozannie nie przyniosło skutku. Teraz jej apelację odrzucił sąd cywilny. Kara dobiegnie końca 8 lutego 2011 roku. Tuż po ogłoszeniu wyroku przez szwajcarski sąd adwokat Pechstein Simon Bergmann zapowiedział, że skorzystają z ostatniej instancji odwoławczej, jaką jest Europejski Trybunał Praw Człowieka w Strasburgu. 38-letnia panczenistka jest pierwszą kobietą, która zdobyła medale na pięciu kolejnych igrzyskach olimpijskich (1992-2006). Łącznie ma ich w dorobku dziewięć, w tym pięć złotych. Sześć razy triumfowała w mistrzostwach świata. Dyskwalifikacja wywołała także problemy osobiste u Niemki. Zatrudniona w stopniu sierżanta w policji federalnej w maju otrzymała wezwanie od ministra spraw wewnętrznych do podjęcia pracy w pełnym wymiarze godzin. Zawodniczka poprosiła o bezpłatny urlop, ale jej prośba spotkała się z odmową. Z kolei we wrześniu jej menedżer poinformował o załamaniu nerwowym panczenistki. Pechstein miała przebywać pod stałą opieką psychologów.