Akcje Guendogana rosły w błyskawicznym tempie w sezonie 2012/2013, gdy Borussia zdobywała mistrzostwo Niemiec i robiła furorę w Lidze Mistrzów. Jednak do jego transferu nie doszło, a później doznał poważnej kontuzji, która wyłączyła go z gry na niemal półtora roku. "Real Madryt złożył ofertę, ale mój klub ją wtedy odrzucił" - przyznał piłkarz, którego kontrakt z Borussią wygaśnie dopiero końcem czerwca 2016 roku. "Co więcej, odniosłem kontuzję, która wszystko przekreśliła. Nie mogłem grać w piłkę przez czternaście miesięcy" - przypomniał w wywiadzie dla stacji "TRT". "Teraz chcę nadrobić stracony czas i odnosić sukcesy sportowe. Jeśli kiedyś odejdę, to przeniosę się do jednego z wielkich klubów w Hiszpanii lub Anglii" - powiedział. Guendogan żałuje także, że nie mógł zagrać na mistrzostwach świata, podczas których Niemcy wywalczyli główne trofeum. "Jeśli mógłbym grać, byłbym w wyjściowej jedenastce" - przekonywał piłkarz BVB. "Byliśmy w świetnej formie i zrealizowaliśmy plan. Żałuję, że nie mogłem spełnić swojego marzenia, ale mam przed sobą Euro 2016, a kiedyś chciałbym wywalczyć też Puchar Świata" - powiedział.