29-letni zawodnik był zamieszany w aferę dopingową znaną pod policyjnym kryptonimem Puerto. Basso przyznał się do "podjęcia próby dopingu", ale stwierdził, że nigdy nie stosował środków dopingowych. Afera Puerto wybuchła w maju 2006 roku, kiedy hiszpańska polIcja zatrzymała w Madrycie doktora Eufemania Fuentesa. W jego gabinecie znaleziono ponad 200 pojemników z zamrożoną krwią i plazmą, anaboliki, sterydy, EPO i hormon wzostu. Na liście podejrzanych o korzystanie z usług Fuentesa znalazły się nazwiska ponad 50 kolarzy. Do tej pory jednak tylko jeden z nich, Niemiec Jan Ullrich, został zidentyfikowany na podstawie porównania próbek DNA. Ponieważ od kiedy wyszło na jaw, iż Basso znajduje się na liście Fuentesa, kolarz był zawieszony (łącznie 236 dni), kara upłynie 24 października 2008 roku. - Straciłem wszystko, ale ponieważ popełniłem błędy wyrok jest słuszny i go akceptuje - powiedział po rozprawie w Rzymie Basso. - Mam nadzieję, że cały ten epizod się skończył i będę mógł, jak najszybciej to możliwe, wrócić do kolarstwa. Trenuję codziennie i nie mogę doczekać się ścigania - dodał.