Przez ostatnie dwa lata Zupan pracował jako szkoleniowiec czeskiej kadry "B". Wcześniej przez kilka sezonów był trenerem drużyny narodowej Słowenii. Największym sukcesem Zupana w karierze zawodniczej był srebrny medal z reprezentacją Jugosławii w drużynowym konkursie w igrzyskach olimpijskich w Calgary (1988 rok). Jako trener także odnosił sukcesy - w mistrzostwach świata w Obertsdorfie (2005) Rok Benković wywalczył złoty medal na średniej skoczni, a słoweński zespół wywalczył brązowy.