Clijsters grał na środku linii obrony w kilku belgijskich klubach, był też kapitanem FC Mechelen, z którym sięgnął po Puchar Zdobywców Pucharów w 1988 roku, po zwycięstwie w finale z Ajaxem Amsterdam. W narodowej drużynie rozegrał 40 spotkań, a w 1986 i 1990 roku grał w finałach mistrzostw świata. W pierwszym przypadku Belgowie dotarli do półfinału. Pożegnał się z zawodowym futbolem w 1993 roku i od tego momentu większość swojej uwagi poświęcił wspieraniu kariery tenisowej córki Kim, która była liderką rankingu WTA oraz triumfowała w wielkoszlemowym US Open, zanim zakończyła karierę przed dwoma laty.