Madeja pracował w Cracovii na stanowisku kierownika drużyny od sześciu lat. Na początku sezonu 2002/2003 do swojego sztabu dokooptował go trener Wojciech Stawowy. Wcześniej Madeja związany był z "Pasami" w inny szczególny sposób. Sędziował tradycyjne Treningi Noworoczne, odbywające się zawsze 1 stycznia w samo południe. W sumie poprowadził to spotkanie 44 razy z rzędu. Pewnie sędziowałby nadal, lecz na przeszkodzie stanęło zdrowie i poważna operacja kolana. - Pan Maciek to ikona Cracovii - przyznał kiedyś prezes klubu, Janusz Filipiak. Powód decyzji Madei nie jest znany, ale prasa sugeruje, że mogło chodzić o konflikt z osobą trenera "Pasów", Stefana Majewskiego. "Gazeta Krakowska" sugeruje, że kierownik zrezygnował, ponieważ miał dość impertynenckiego zachowania szkoleniowca. Podobną opinię możemy przeczytać dziś w "Dzienniku Polskim". "Dymisja Madei jest reakcją na ostre potraktowanie go przez Majewskiego" - podaje "Dziennik Polski". Madeja po raz ostatni pełnił funkcję kierownika podczas pierwszego meczu Pucharu Intertoto z Szachtiorem Soligorsk. Na rewanż na Białoruś już nie poleciał, nie pojechał również na obóz do Słowenii. Pocieszające dla kibiców Cracovii jest to, że legendarny "Kiero" nie zaprzestaje pracy w klubie. Ma otrzymać nowe obowiązki, prawdopodobnie zajmie się pracą z młodzieżą.