Zastąpił Krzysztofa Przybylskiego, który doprowadził zespół do awansu. Przybylski po sezonie nie porozumiał się z klubem w kwestii przedłużenia kontraktu. Poszukiwania nowego szkoleniowca skończyły się podpisaniem dwuletniej umowy z Zajączkowskim. Bogdan Zajączkowski ostatnio prowadził szczypiornistów Wisły Płock. W tym klubie pracował jako szkoleniowiec (w latach 1992-2000 i 2006-2008). W 2008 roku pod jego wodzą Wisła wywalczyła dublet (mistrzostwo Polski i Puchar Polski). Później pełnił w płockim klubie funkcję wiceprezesa do spraw sportowych, a karierę trenerską zawiesił.