Włoch z grupy Quick Step, dla którego był to drugi triumf w tegorocznej imprezie, decydujący atak przeprowadził na 300 metrów przed metą. Finiszował sekundę przed swoimi rodakami Davidem Rebellinem z Gerolsteinera i Damianem Cunego z Lampre. W czołówce etapu byli też lider Hiszpan Martinez z Euskaltela oraz tracący do niego odpowiednio 11 i 29 sekund Amerykanin Levi Leipheimer oraz inny Hiszpan Alberto Contador (obaj z Astany). Najważniejsze wydarzenia deszczowego etapu o długości 186,4 kilometra, który prowadził z Burgos do Suances,.miały miejsce na 60 kilometrze trasy, podczas bardzo szybkiego, niebezpiecznego zjazdu z górskiej premii. Peleton porwał się w tym momencie, a w drugiej grupie znalazł się jeden z kandydatów do zwycięstwa w całym wyścigu - Valverde. Pomimo zaciekłego pościgu, w którym pomagali mu koledzy z grupy Caisse d'Epargne, Valverde przyjechał do mety ze stratą ponad trzech minut i spadł z czwartego na 11. miejsce w klasyfikacji. Wyniki 12. etapu (Burgos - Suances, 186,5 km): 1. Paolo Bettini (Włochy/Quick-Step) 4:42.44 2. Davide Rebellin (Włochy/Gerolsteiner) strata 1 s 3. Damiano Cunego (Włochy/Lampre) 4. Alessandro Ballan (Włochy/Lampre) 5. Alberto Contador (Hiszpania/Astana) wszyscy ten sam czas 6. Egoi Martinez (Hiszpania/Euskaltel) 4 7. Oliver Zaugg (Szwajcaria/Gerolsteiner) 8. Carlos Sastre (Hiszpania/CSC) 9. Levi Leipheimer (USA/Astana) 10. Igor Anton (Hiszpania/Euskaltel) wszyscy ten sam czas klasyfikacja generalna: 1. Egoi Martinez (Hiszpania/Euskaltel) 45:48.33 2. Levi Leipheimer (USA/Astana) strata 11 s 3. Alberto Contador (Hiszpania/Astana) 29 4. Carlos Sastre (Hiszpania/CSC) 1.38 5. Ezequiel Mosquera (Hiszpania/Xacobeo) 2.10 6. Igor Anton (Hiszpania/Euskaltel) 2.23 7. Robert Gesink (Holandia/Rabobank) 3.22 8. Davide Rebellin (Włochy/Gerolsteiner) 3.40 9. Marzio Bruseghin (Włochy/Lampre) 4.09 10. Joaquim Rodriguez (Hiszpania/Caisse d'Epargne) 4.10 11. Alejandro Valverde (Hiszpania/Caisse d'Epargne) 4.19