Skaba trafił do Legii przed sezonem 2007/08 z Odry Wodzisław. Po roku cieszył się z wicemistrzostwa Polski oraz Pucharu Polski. Poza tym legioniści z nim na bramce dotarli do finału rozgrywek o Puchar Ekstraklasy. Przez pierwsze dwa lata Wojtek był zmiennikiem Jana Muchy i zaliczył jedynie dwa występy w lidze. Sezon 2009/10 spędził na wypożyczeniu do Polonii Bytom, gdzie pokazał spore możliwości, a po rundzie jesiennej otrzymał nominację do Piłkarskiego Oscara w kategorii najlepszego bramkarza Ekstraklasy. Po powrocie ze śląskiej drużyny pełnił funkcję trzeciego golkipera w Legii, jednak po słabszych występach Marijana Antolovicia i Kostii Machnowskiego otrzymał szansę, którą wykorzystał. Skaba wystąpił w dwóch ostatnich meczach bieżącego sezonu. Zachował w nich czyste konto, a dodatkowo w Bytomiu obronił rzut karny.