"Wawrzyn" trafił do Legii przed sezonem 2007/2008. W tym czasie dwukrotnie triumfował z drużyną w rozgrywkach o Puchar Polski, a raz wygrał w meczu o Superpuchar Ekstraklasy. Ma na swoim koncie 83 występy z "eLką" na piersi, w których strzelił siedem goli. Będąc zawodnikiem warszawskiego Klubu, Jakub Wawrzyniak zagrał z reprezentacją Polski na mistrzostwach Europy w 2008 roku. W rundzie wiosennej sezonu 2008/2009 reprezentował barwy Panathinaikosu Ateny, z którym zagrał w rozgrywkach Ligi Mistrzów. W czerwcu 2011 roku wrócił do reprezentacji Polski, biorąc udział w meczach towarzyskich z Argentyną i Francją.