Na trasie piątkowego etapu kolumna peletonu wjechała w Wogezy. Kolarze mieli do pokonania kilka przełęczy. Najbardziej wymagającym był 9-kilometrowy podjazd Col du Platzerwaser (1193 m npm). Najszybciej na premię górską wspiął się Sylvain Chavanel (Cofidis), który uciekał z Heinrichem Hausslerem (Cervelo). "To był trudny etap. Długi podjazd na Col du Platzerwaser zawsze wydawał mi się ciężki i monotonny" - przyznał po etapie siedmiokrotny zwycięzca Tour de France, Lance Armstrong (Astana), który ukończył etap na 27. pozycji. Z powodu licznych, krótkich wspinaczek, grupa zasadnicza często się dzieliła. Jednak na czele długo utrzymywał się Heinrich Haussler. Niemiec w pierwszej części sezonu pokazał dobrą formę w wiosennych klasykach (2. miejsce Mediolan - San Remo, a także w wyścigu Dookoła Flandrii). Na zjeździe z Col du Platzerwaser wykorzystując ciężkie, deszczowe warunki zyskał nad Francuzem kilkanaście sekund i samotnie podążył po zwycięstwo do mety. Haussler wygrał w tym sezonie, także etap we francuskim wyścigu Paryż-Nicea. Ponad sześć minut po zwycięzcy, do mety dotarł lider wyścigu Tour de France Rinaldo Nocentini (Ag2r), który zachował żółtą koszulkę. Etap ze stratą ponad 23 minut ukończył Marcin Sapa (Lampre) zajmując 142. pozycje. Dzięki aktywnej jeździe w Wogezach, liderem klasyfikacji górskiej został Franco Pelizzotti (Liquigas), zabierając białą koszulkę w czerwone grochy Hiszpanowi Egoi Martinezowi (Euskaltel). Podczas 13. etapu zgodnie z oświadczeniem Międzynarodowej Unii Kolarskiej kolarze mogli korzystać z łączności radiowej. Wcześniej organizatorzy przewidywali dwa etapy (10. i 13.) bez komunikowania się za pomocą słuchawek. Sobotni płaski odcinek prowadzi z Colmar do Besancon (199 km). Wyniki 13. etapu, Vittel - Colmar (200 km): 1. Heinrich Haussler (Niemcy/Cervelo) - 4:56.26 2. Amets Txurruka (Hiszpania/Euskaltel) strata 4.11 s 3. Brice Feillu (Francja/Agritubel) 6.13 4. Sylvain Chavanel (Francja/Quick-Step) 6.31 5. Peter Velits (Słowacja/Milram) 6.43 6. Thor Hushovd (Norwegia/Cervelo) 7. Władimir Jefimkin (Rosja/Ag2r) 8. Bradley Wiggins (W. Brytania/Garmin) 9. George Hincapie (USA/Columbia) 10. Andy Schleck (Luksemburg/Saxo-Bank) ten sam czas .. 142. Marcin Sapa (Lampre) 23.44 Klasyfikacja generalna po 13. etapie: 1. Rinaldo Nocentini (Włochy/Ag2r) 53:30.30 2. Alberto Contador (Hiszpania/Astana) 6 s 3. Lance Armstrong (USA/Astana) 8 4. Bradley Wiggins (W. Brytania/Garmin) 46 5. Andreas Kloeden (Niemcy/Astana) 54 6. Tony Martin (Niemcy/Columbia) 1.00 7. Christian Vande Velde (USA/Garmin) 1.24 8. Andy Schleck (Luksemburg/Saxo-Bank) 1.49 9. Vincenzo Nibali (Włochy/Liquigas) 1.54 10. Luis Leon Sanchez (Hiszpania/Caisse d'Epargne) 2.16 .. 139. Sapa 1:33.34