Phelps osiągnął rezultat 47,77 i nie wystąpi w finale. O prawie dwie sekundy szybciej popłynął zwycięzca eliminacji Szwed Stefan Nystrand - 45,93. W przeciwieństwie do konkurentów Phelps wystartował w stroju starej generacji, który będzie dozwolony w sezonie 2010. Rywale wykorzystali jedną z ostatnich okazji, aby popłynąć w sięgających do kostek nowoczesnych kostiumach poliuretanowych. Stroje te będą zakazane od 1 stycznia. Phelps startował także w eliminacjach 100 metrów stylem grzbietowym, ale został zdyskwalifikowany.