System rozgrywek 10 drużyn Ekstraklasy Kobiet uczestniczy w fazie eliminacyjnej Pucharu Polski. Do fazy finałowej Pucharu Polski (Final Eight) awansują 4 drużyny wyłonione z fazy eliminacyjnej. Awans bezpośredni zapewniony mają drużyny biorące udział w rozgrywkach FIBA w tym sezonie (Wisła Can-Pack Kraków, Lotos PKO BP Gdynia, KSSSE AZS-PWSZ Gorzów Wlkp.). "Finałową ósemkę" uzupełni najlepsza drużyna I ligi rozgrywek Pucharu Polski. Rundę eliminacyjną drużyny grają w systemie mecz i rewanż, a przegrywający odpada z rozgrywek. "Szczęśliwy przegrany" (lucky loser) - to zespół, który przegrał rywalizację w systemie mecz i rewanż w drugiej rundzie eliminacyjnej, ale ma najkorzystniejszy bilans z trzech drużyn przegranych w II rundzie eliminacyjnej i kwalifikuje się do fazy finałowej Pucharu Polski (Final Eight). Final Eight zostanie rozegrany w dniach 6-8.03.2008 r., a losowanie par odbędzie się po zakończeniu II rundy eliminacyjnej. I runda eliminacyjna 3.12.2008 r. 1. Energa Toruń - MUKS Poznań 2. PTK Aflofarm Vicard Pabianice - ŁKS Siemens AGD Łódź 3. PKM Duda Super Pol Leszno - INEA AZS Poznań 4. Cukierki Odra Brzeg - Finepharm AZS KK Jelenia Góra 10.12.2008 r. 5. MUKS Poznań - Energa Toruń 6. ŁKS Siemens AGD Łódź - PTK Aflofarm Vicard Pabianice 7. INEA AZS Poznań - PKM Duda Super Pol Leszno 8. Finepharm AZS KK Jelenia Góra - Cukierki Odra Brzeg Drużyny CCC Polkowice i Utex ROW Rybnik w I rundzie mają wolny los (jako uczestnicy rozgrywek pucharowych FIBA w sezonie 2007/2008). II runda eliminacyjna 28.01.2009 r. Zwycięzca meczów 1,5 - Zwycięzca meczów 2,6 Zwycięzca meczów 3,7 - CCC Polkowice Zwycięzca meczów 4,8 - Utex ROW Rybnik 4.02.2009 r. Zwycięzca meczów 2,6 - Zwycięzca meczów 1,5 CCC Polkowice - Zwycięzca meczów 3,7 Utex ROW Rybnik - Zwycięzca meczów 4,8 Zwycięzcy i tzw. "szczęśliwy przegrany" (lucky loser) II rundy eliminacyjnej awansują do fazy finałowej Pucharu Polski (Final Eight).