Drugie miejsce zajął Hiszpan Carlos Sastre (CSC), a trzecie jego rodak Oscar Pereiro (Caisse d'Epargne), który zastał nowym liderem. Rasmussen, który wygrał zeszłoroczną klasyfikację górską "Wielkiej Pętli", postanowił w środę zaatakować. Na 16. etapie były cztery premie górskie, w tym dwie najwyższej kategorii, dlatego można było zdobyć wiele punktów. Duńczyk uciekł już na szóstym kilometrze. Na początku koła dotrzymywali mu Słoweniec Tadei Vajlavec z Lampre i Francuz Sandy Casar (FdJ). Jednak ci dwaj kolarze nie wytrzymali trudów ucieczki i po kolei opadli od Rasmussena, który wygrał wszystkie premie górskie (Col du Galibier, Col de la Croix de Fer, Col du Mollard i la Touissuire) i został liderem tej klasyfikacji. Za plecami Duńczyka działy się ciekawe rzeczy. Na kończącym etap podjeździe najpierw zaatakował Denis Mienszow z Rabobanku. Akcja Rosjanina się nie powiodła, ale pokazała, że coraz słabszy jest lider Floyd Landis z Phonaku. Amerykanin jeszcze dołączył do głównej grupy, ale gdy zaatakował Sastre, nie był już w stanie dotrzymać koła goniącym go kolarzom. Ostatecznie przyjechał na metę ze stratą ponad 10 minut do zwycięzcy i pożegnał się już raczej z marzeniami o trumfie w tegorocznym Tour de France. Nadal w walce liczą się natomiast drugi w klasyfikacji generalnej Sastre (traci 1.50 do Pereiry), trzeci Niemiec Andreas Kloeden (T-Mobile, 2.29), piąty Australijczyk Cadel Evans (Lotto, 2.56) i szósty Mienszow (3.58). Wyniki 16. etapu, Bourg-d'Oisans - la Toussuire (182 km): 1. Michael Rasmussen (Dania/Rabobank) - 5:36.04 2. Carlos Sastre (Hiszpania/CSC) strata 1.41 3. Oscar Pereiro (Hiszpania/Caisse d'Epargne) 1.54 4. Cadel Evans (Australia/Davitamon-Lotto) 1.56 5. Andreas Kloeden (Niemcy/T-Mobile) ten sam czas 6. Christophe Moreau (Francja/AG2R) 2.37 7. Pietro Caucchioli (Włochy/Credit Agricole) 8. Cyril Dessel (Francja/AG2R) ten sam czas 9. Levi Leipheimer (USA/Gerolsteiner) 3.24 10. Haimar Zubeldia (Hiszpania/Euskaltel) 3.42 11. Denis Mienszow (Rosja/Rabobank) 12. Michael Rogers (Australia/T-Mobile) 13. Eddy Mazzoleni (Włochy/T-Mobile) ten sam czas .. 23. Floyd Landis (USA/Phonak) 10.04 klasyfikacja generalna: 1. Oscar Pereiro (Hiszpania/Caisse d'Epargne)- 74:38.05 2. Carlos Sastre (Hiszpania/CSC) strata 1.50 3. Andreas Kloeden (Niemcy/T-Mobile) 2.29 4. Cyril Dessel (Francja/AG2R) 2.43 5. Cadel Evans (Australia/Davitamon-Lotto) 2.56 6. Denis Mienszow (Rosja/Rabobank) 3.58 7. Michael Rogers (Australia/T-Mobile) 6.47 8. Christophe Moreau (Francja/AG2R) 7.03 9. Levi Leipheimer (USA/Gerolsteiner) 7.46 10. Haimar Zubeldia (Hiszpania/Euskaltel) 8.06 11. Floyd Landis (USA/Phonak) 8.08