Jedenastu zwycięzców rywalizacji w parach trzeciej rundy zagra w drugiej rundzie wstępnej Pucharu UEFA. W tym roku, w związku z reformą europejskich rozgrywek pucharowych, rywalizacja w Pucharze Intertoto toczy się po raz ostatni. Wyniki rewanżowych meczów drugiej rundy piłkarskiego Pucharu Intertoto (w kolejności: wynik rewanżu i wynik pierwszego meczu; gwiazdka przy drużynie, która awansowała): niedziela, 13 lipca Etzella Ettelbrueck (Luksemburg) - *Saturn Ramienskoje 1:1 (0:0); 0:7 Szachtior Soligorsk - *Sturm Graz 0:0; 0:2 Sivasspor Sivas (Turcja) - OFK Grbalj (Czarnogóra) 1:0 (0:0); 2:2 *Tawrija Symferopol - FC Tiraspol 3:1 (2:0); 0:0 *Rosenborg Trondheim - Ekranas Poniewież 4:0 (1:0); 3:1 *Panionios Ateny - OFK Belgrad 3:1 (2:0); 0:1 *Odense BK - TPS Turku 2:0 (1:0); 2:1 sobota, 12 lipca *Elfsborg Boras (Szwecja) - Hibernian Edynburg 2:0 (1:0); 2:0 Besa Kavaje (Albania) - *Grasshoppers Zurych 0:3 (0:0); 1:2 *Neftczi Baku - Germinal Beerschot 1:0 (0:0); 1:1 *Honved Budapeszt - FK Teplice 0:2 (0:0); 3:1 *FC Bnei Sachnin (Izrael) - FK Renova (Macedonia) 1:0 (1:0); 2:1 ND Gorica (Słowenia) - *FC Burgas 0:2 (0:0); 1:1 Bohemians Dublin - *FK Ryga 2:1 (1:0); 0:1 Pary 3. rundy: (mecze 19/20 i 26/27 lipca): FC Bnei Sachnin - Deportivo La Coruńa Panionios Ateny - SC Napoli Sivasspor - SC Braga Grasshoppers Zurych - FC Burgas Saturn Ramienskoje - VfB Stuttgart Neftczi Baku - FC Vaslui (Rumunia) Stade Rennes - Tawrija Symferopol Sturm Graz - Honved Budapeszt NAC Breda - Rosenborg Trondheim Odense BK - Aston Villa Elfsborg Boras - FK Ryga