Baumjohann przyszedł do Bayernu w lecie 2009 roku z Borussii Moenchengladbach. Dla monachijczyków zagrał zaledwie trzy razy, toteż bez żalu opuścił klub przystając na propozycję Schalke, którego jest wychowankiem. Nie ujawniono jaką kwotę otrzymał Bayern za 22-latka, ani też na ile lat podpisał on kontrakt. Alexander Baumjohann to drugie w tym tygodniu wzmocnienie Schalke. Wcześniej klub zasilił brazylijski napastnik Edu, który przyszedł z koreańskiej drużyny Suwon Blue Wings. Dla odmiany Bayern na razie pozbywa się piłkarzy. Zimą oddał już czterech. Oprócz Baumjohanna klub opuścili Luca Toni (wypożyczenie do AS Roma), Breno i Andreas Ottl (wypożyczenie do FC Nuermberg).