Na 100 m st. dowolnym uzyskał czas 48,87 i przegrał z Kanadyjczykiem Brentem Haydenem - 48,44. Na tym samym dystansie, ale stylem grzbietowym, musiał uznać wyższość kolegi z reprezentacji Ryana Lochte. Phelps uzyskał 54,31, a Lochte 54,15. Phelps w Santa Clara był najlepszy na dwóch dystansach - na 200 m st. motylkowym i 400 m st. dowolnym. To był jego drugi występ po zakończeniu trzymiesięcznej dyskwalifikacji za palenie marihuany.