Kowalski to wychowanek Wisły. W lidze w barwach "Białej Gwiazdy" debiutował 22 sierpnia 2006 roku w meczu z GKS-em Bełchatów. Na początku 2009 roku został wypożyczony do Piasta Gliwice. Tam rozegrał 26 spotkań, w tym 23 w Ekstraklasie. Ma na swoim koncie również jedną bramkę, w meczu Piasta z Cracovią. Środkowy obrońca znalazł się w kadrze gliwickiego zespołu na rozpoczynające się właśnie w Turcji zgrupowanie. Zawodnik w Piaście spędził cały 2009 rok. W styczniu trener Maciej Skorża wezwał go do Krakowa, chciał sprawdzić, czy może grać na prawej obronie. Pojechał na obóz z Wisłą, do Turcji, ale tam doznał lekkiej kontuzji i nie mógł przekonać trenera mistrzów Polski do swoich umiejętności, dlatego ten zgodził się na ponowne wypożyczenie do Piasta.