Lekarze założyli zawodnikowi grupy Quick Step szynę, która usztywni rękę. Boonen wyłączony został ze sportu na dwa tygodnie. 30-letni Belg w 2005 roku zdobył tytuł ze startu wspólnego. W zawodowym peletonie startuje od 2002 roku. Początkowo w grupie US Postal, a od 2003 roku w Quick Step. W dorobku ma zwycięstwo w klasyfikacji punktowej Tour de France przed czterema laty oraz trzy wygrane w klasyku Paryż-Roubaix w latach 2005, 2008 i 2009.