Z powodu dopingu z wyścigu zostali wykluczeni Hiszpanie Manuel Beltran i Moises Duenas oraz zwycięzca dwóch górskich etapów Włoch Riccardo Ricco. Bezpośrednio po ostatnim etapie poinformowano, że pozytywny wynik testu antydopingowego miał również Dmitrij Fofonow z Kazachstanu. W sumie AFLS, która za kontrole antydopingowe na Tour de France odpowiadała po raz pierwszy, stwierdziła 22 testy z wynikami anormalnymi, które dotyczyły 13 kolarzy. Ośmiu z nich miało jednak specjalne zezwolenie lekarskie (AUT) na stosowanie zabronionych środków w celach terapeutycznych. AUT dotyczy głównie astmatyków. Na 180 kolarzy, którzy startowali w tegorocznym Tour de France, zezwolenie lekarskie miało aż 76.