36-letni szkoleniowiec pracę w szwajcarskim klubie rozpoczął 13 października, kiedy do Hamburgera SV odszedł Thorsten Fink. Vogel, który był jego asystentem, wówczas podpisał tylko tymczasową umowę. Zespół pod jego wodzą był jednak autorem jednej z największych niespodzianek w ostatniej kolejce fazy grupowej Ligi Mistrzów. FC Basel pokonał Manchester United 2:1, dzięki czemu zajął drugie miejsce w grupie C przed dużo bardziej utytułowanym rywalem. - Suma wszystkich kryteriów, jak: sukces sportowy, kompetencje, profesjonalizm i rozwój Heiko pozwoliły zarządowi klubu podjąć jednomyślną decyzję - napisano w oświadczeniu zamieszczonym na stronie internetowej FC Basel. Awans do 1/8 finału LM to nie jedyny sukces drużyny prowadzonej przez Vogela. Pod jego wodzą zespół nie poniósł jeszcze porażki w rozgrywkach ligowych i po 18 kolejkach ma siedem punktów przewagi nad FC Luzern i FC Sion. Vogel pracę szkoleniowca rozpoczynał w Bayernie Monachium, gdzie przez dziewięć lat pracował z zespołami juniorskimi. Potem był asystentem Finka w niemieckim FC Ingolstadt 04 (obecnie 2. Bundesliga), a od 2009 roku jest zatrudniony w FC Basel.