Hiszpańska federacja ukarała go roczną dyskwalifikacją. Wzięła pod uwagę fakt, że przyznał się do winy i współpracował z władzami w śledztwie dotyczącym peruwiańskiego lekarza Waltera Viru, który miał dostarczać sportowcom niedozwolone środki. Jednak Międzynarodowe Stowarzyszenie Federacji Lekkoatletycznych (IAAF) podwyższyło karę do dwóch lat. Ostatecznie sprawa trafiła do trybunału w Lozannie, który przyznał rację IAAF. Wyrok trybunału pozbawia 35-letniego Fernandeza możliwości startu w igrzyskach. Hiszpan jest srebrnym medalistą olimpijskim z Aten (2004) i trzykrotnym wicemistrzem świata (2003, 2005, 2007) w chodzie na 20 km. Jego trenerem był m.in. Robert Korzeniowski