Drugie miejsce, tak jak dzień wcześniej, wywalczył jego rodak Samuel Sanchez z grupy Euskaltel-Euskadi, a trzecie, ze stratą 2 s, Chorwat Robert Kiserlovski. Rodriguez i Sanchez odjechali z peletonu na trzy kilometry przed metą, po kilkuset metrach zdołał dołączyć do nich Chorwat. Na metę obaj Hiszpanie wjechali obok siebie i dopiero po analizie zapisu fotokomórki zwycięstwo przyznano Rodriguezowi. Wyniki 5. etapu (z Bera do Onati, 183 km): 1. Joaquim Rodriguez (Hiszpania/Katiusza) 4:27.16 2. Samuel Sanchez (Hiszpania/Euskaltel-Euskadi) - ten sam czas 3. Robert Kiserlovski (Chorwacja/Astana) strata 2 s 4. Wasilij Kirienka (Białoruś/Movistar) 5 5. Petter Nordhaug (Norwegia/Sky) 5 6. Daniele Ratto (Włochy/Liquigas) 5 ... 65. Maciej Paterski (Polska/Liquigas) 9.47 97. Michał Gołaś (Polska/Omega Pharma-Quick Step) 14.03 114. Przemysław Niemiec (Polska/Lampre-ISD) 18.44 Klasyfikacja generalna po pięciu etapach: 1. Joaquim Rodriguez (Hiszpania/Katiusza) 20:29.18 2. Samuel Sanchez (Hiszpania/Euskaltel-Euskadi) strata 9 s 3. Robert Kiserlovski (Chorwacja/Astana) 26 4. Petter Nordhaug (Norwegia/Sky) 33 5. Michele Scarponi (Włochy/Lampre) 33 6. Luis Montoya (Kolumbia/Sky) 34 ... 51. Maciej Paterski (Polska/Liquigas) 18.19 80. Przemysław Niemiec (Polska/Lampre-ISD) 31.05 93. Michał Gołaś (Polska/Omega Pharma-Quick Step) 38.40