Kowalik przejął Wybrzeże 25 października 2016 po Grzegorzu Dzikowskim i miał z nim awansować do ekstraligi. Tego zadania nie udało się jednak zrealizować - w pierwszej lidze gdańszczanie zajęli drugą pozycję - w finale play-off przegrali z Grupą Azoty Unia Tarnów, natomiast w barażach musieli uznać wyższość przedostatniej ekipy ekstraligi, Get Well Toruń. "Cel postawiony przed trenerem Kowalikiem nie został zrealizowany i podjęliśmy decyzję, że wygasający 31 października kontrakt nie zostanie przedłużony. Rozstajemy się w zgodzie i konsekwentnie budujemy drużynę na kolejny sezon. Dzięki pracy trenera Jarosława Hulko możemy być spokojni o przygotowanie kondycyjne naszych zawodników, dlatego nie musimy spieszyć się z wyborem nowego trenera" - wyjaśnił cytowany na oficjalnej klubowej stronie prezes Tadeusz Zdunek. Wszystko wskazuje, że z Wybrzeżem pożegnają się także Hubert Łęgowik i Australijczyk Troy Batchelor, a pod znakiem zapytania stoją również występy w gdańskiej drużynie Oskara Fajfera, Rosjanina Renata Gafurowa oraz Duńczyka Mikkela Becha.