Makaay na murawie brylował przez 17 sezonów, strzelił 253 gole w pięciu klubach. W holenderskiej reprezentacji rozegrał 45 meczów i zdobył sześć bramek.

Seniorską karierę Makaay rozpoczął w Vitesse Arnhem. Potem trafił do Hiszpanii. Najpierw grał w barwach CD Tenerife, po czym występował w Deportivo La Coruna. Szybko stał się czołowym strzelcem całej Primera Division. Był na tyle skuteczny, że w sezonie 2002/03 wygrał klasyfikację Złotego Buta na najlepszego napastnika w Europie.

W końcu zaczął się nim interesować Bayern Monachium i w lecie 2003 roku za 18,75 mln euro trafił do Bawarii. W trzech sezonach dwukrotnie zdobył mistrzostwo Niemiec i strzelił 61 goli.

7 marca 2007 roku zdobył najszybszą bramkę w historii Ligi Mistrzów. 10,2 s po pierwszym gwizdku sędziego pokonał bramkarza Realu Madryt.

Latem 2007 roku podpisał kontrakt z Feyenoordem Rotterdam, który zapłacił za niego pięć milionów euro.