Australijczyk wraz ze swoim rodakiem Joshuą Eagle'em przegrali z parą Jeff Coetzee/Chris Haggard (RPA) 2-6, 5-7 w I rundzie debla Australian Open (pula nagród 14,6 mln dolarów). W pierwszym secie debel z Republiki Południowej Afryki szybko objął prowadzenie 3-0, a set zakończył się zwycięstwem pary Coetzee/Haggard 6-2. Rafter i Eagle byli natomiast bliscy wygrania drugiej partii - prowadzili 4-1, a przy stanie 5-5 mieli nawet setbola. Rywale jednak wydobyli się z tarapatów i w następnym gemie przełamali Australijczyków. Przy prowadzeniu 6-5 para z RPA własnym serwisem zakończyła spotkanie, które trwało 72 minuty. Dla Patricka występ w Australian Open był drugim profesjonalnym meczem po ponad dwuletniej przerwie. 8 stycznia Rafter i Eagle przegrali z deblem Merklein/Spadea 6-3, 4-6, 3-6 w I rundzie AAPT Championships w Adelajdzie. Dwukrotnemu triumfatorowi US Open udało się tylko raz wygrać na kortach w Melbourne Park i było to właśnie w grze podwójnej. W 1999 roku wygrał imprezę w parze ze Szwedem Jonasem Bjorkmanem. W singlu Rafterowi nie szło już tak dobrze w "domowej imprezie". W 2001 roku (jego jak na razie ostatni występ w AO) doszedł do półfinału.