Guendogan był piłkarzem klubu z Dortmundu od 2011 roku. Zdobył grając w jego barwach mistrzostwo Niemiec i krajowy puchar. Wielki potencjał reprezentanta Niemiec z pewnością przełożyłby się na jeszcze większe sukcesy, gdyby nie prześladujące go problemy ze zdrowiem. Cały sezon 2013/2014 spędził na rehabilitacji kontuzji pleców. Nie pojechał więc na mundial do Brazylii, gdzie Niemcy sięgnęli po Puchar Świata. Z kolei z udziału w Euro 2016 wyeliminowała go kontuzja kolana, jakiej doznał w maju. Mimo tego przed nowym sezonem trener Pep Guardiola ściągnął go do Manchesteru City. Angielski klub zapłacił za Guendogana około 20 mln funtów, ale ta kwota może jeszcze wzrosnąć, ponieważ w umowie z Borussią zawarto klauzule dotyczące przyszłych opłat, które uzależnione są od występów piłkarza w barwach "The Citizens". Guendogan przyznał, że nie miał wątpliwości, czy zdecydować się na transfer. "Chciałem opuścić komfortową strefę i dołączyć do nowego zespołu, pracować z nowym trenerem w innym klubie, innym kraju i w bardzo silnej lidze" - tłumaczył Guendogan. "Dlatego uznałem, że to idealny czas. Mam 25 lat i osiągnąłem już wszystko w Niemczech - zdobyłem mistrzostwo i puchar" - przekonywał Niemiec. "Także połączenie Pepa (Guardioli - przyp. red.) i klubu jest idealne dla sposobu, w jaki gram. To nie była trudna decyzja. Wręcz przeciwnie - bardzo prosta" - dodał.