Kontuzja ramienia oraz pojawienie się młodych utalentowanych rodaków spowodowało, że na igrzyskach w Rio de Janeiro (2016) nie wywalczył indywidualnej kwalifikacji, ale z kolegami ze sztafety 4x100 m kraulem stanął na najniższym stopniu podium. - Czuję, że byłbym w stanie popłynąć jeszcze na przyszłorocznych igrzyskach w Tokio, ale wobec dużych wymagań, jakie sam na siebie nakładałem, uważam, że jest to odpowiedni moment, aby odejść - powiedział Magnussen.