Kilka miesięcy temu lekarze ze szwajcarskiej kliniki operowali kontuzjowany bark pływaka. Jak donoszą australijskie media, teraz w tę część ręki wdała się infekcja. W tej chwil Thorpem zajmują się lekarze ze szpitala w Sydney. Istnieje zagrożenie, że sportowiec utraci władzę w lewej ręce. Niewykluczona jest także amputacja. Pływak po zakończeniu kariery zmagał się z depresją. Pokonał chorobę, ale problemy wróciły, gdy nie dostał się do kadry na igrzyska olimpijskie w Londynie.