Na oficjalnej stronie Polonii pojawiła się informacja, że Motyka podpisał roczny kontrakt. Po udanej pracy z rezerwami Wisły Kraków, w maju 2002 roku Motyka trafił do Szczakowianki Jaworzno, którą objął zaraz po jej awansie do ekstraklasy. Został zwolniony dokładnie rok później, gdy po dotkliwej porażce z Groclinem Garbarnia spadła do strefy barażowej. Były obrońca "Białej Gwiazdy" (Motyka zaliczył w ekstraklasie ponad 100 występów, zdobył 3 bramki) słabe wyniki osiągnął również z kolejną prowadzoną przez siebie drużyną - Tłokami Gorzyce. Jego 10-miesięczna współpraca zaowocowała spadkiem Tłoków do III ligi. Wiadomość o tym, kto po Mieczysławie Broniszewskim obejmie Polonię, do ostatniej chwili utrzymywana była w tajemnicy. Kandydatów upatrywano w Jacku Zielińskim (ostatnio Górnik Łęczna), Edwardzie Klejndinście, a nawet w szkoleniowcu zagranicznym. Tymczasem dyrektor sportowy Jerzy Engel sięgnął po osobę perspektywiczną. Marek Motyka ma zaledwie 46 lat. Właśnie dlatego kibice z Konwiktorskiej liczą, że z drużyną "Czarnych Koszul" Motyka odniesie podobne sukcesy jak niegdyś Dariusz Wdowczyk, który jako najmłodszy trener w historii zdobył z Polonią mistrzostwo Polski. Z nowym trenerem drużyna "Czarnych Koszul" rozpoczyna przygotowania do sezonu 2004/05 już w najbliższy czwartek.