Milito przeszedł w maju operację obu kolan, i lekarze poinformowali go, że do gry wróci prawdopodobnie dopiero po dziewięciu miesiącach. Milito wyjechał więc do Argentyny, by poddawać się zabiegom i ćwiczeniom rehabilitacyjnym, tam jednak wpadł w depresję, a jego plany treningowe są opóźnione już o prawie cztery tygodnie. Dlatego Milito postanowił wrócić do Barcelony by nadrobić stracony czas i jak najszybciej zjawić się na treningach zespołu. Lekarze oceniają, że najwcześniej kibice zobaczą go w grze w lutym 2009 roku.