Prokurator generalny Szwajcarii poinformował pod koniec września, że Blatter został objęty postępowaniem, mimo że wcześniej był poza podejrzeniami. W maju w Zurychu zatrzymano siedmiu prominentnych działaczy FIFA i postawiono im zarzuty korupcyjne, ale oficjalnie zapewniano wówczas, że śledztwo nie objęło prezydenta organizacji. Sytuacja zmieniła się przed dwoma tygodniami, gdy dopatrzono się nieprawidłowości w sposobie zarządzania FIFA. Blatter jest podejrzany m.in. o podpisanie w 2005 roku niekorzystnego dla FIFA kontraktu z Karaibską Unią Piłkarską. Zarzuca mu się ponadto inne przypadki działania w sprzeczności z interesem organizacji, w tym te związane z prawami telewizyjnymi i marketingiem. Szwajcar miał również przekazać nielegalnie dwa miliony franków szwajcarskich (ok. 7,7 mln zł) obecnemu prezydentowi Europejskiej Unii Piłkarskiej Michelowi Platiniemu w okresie między styczniem 1999 a czerwcem 2002 roku. - Ta sytuacja nie jest przyjemna ani poprawna. Jestem już potępiany, a nie ma żadnych dowodów, że złamałem prawo. To naprawdę oburzające - powiedział Blatter w rozmowie z dziennikarzami "Bunte". Naciskany przez opinię publiczną i innych działaczy, Szwajcar zapowiedział, że ustąpi ze stanowiska w lutym, gdy odbędą się wybory jego następcy. W czerwcu został wybrany na piątą kadencję, kilka dni po aresztowaniach w Zurychu. Gdy okazało się, że Blatter został jednak objęty dochodzeniem, sponsorzy FIFA - Coca Cola i McDonald's - wydali jednocześnie oświadczenia, w których wezwali go do natychmiastowego ustąpienia ze stanowiska. Wcześniej to samo zrobiła Visa. Prezydent odmówił. - To jest śledztwo, a nie oskarżenie. Będę walczył do 26 lutego o siebie i o FIFA. Jestem pewien, że w końcu ta +ciemność+ zostanie rozświetlona i dobro zwycięży - zaznaczył. Blatter kieruje organizacją nieprzerwanie od 1998 roku. Wcześniej przez 17 lat pełnił funkcję sekretarza generalnego.