Meksykanin na stanowisku zastąpił Włocha Alberta Zaccheroniego, który prowadził drużynę w niedawnym mundialu w Brazylii. Nie osiągnął jednak zadowalającego rezultatu - Japonia odpadła po fazie grupowej. Aguirre ma spore doświadczenie w prowadzeniu krajowych reprezentacji. W 2001 roku objął stanowisko selekcjonera kadry swego kraju i w mistrzostwach świata 2002 doprowadził ją do 1/8 finału. Po turnieju zrezygnował z pracy. Swoją drugą przygodę na tym stanowisku rozpoczął w 2009 roku. Wygrał Złoty Puchar CONCACAF, a w mundialu w RPA znowu odpadł w 1/8 finału i złożył dymisję. Był trenerem także hiszpańskich drużyn klubowych, m.in. Atletico Madryt, Osasuny, Realu Saragossa. W ostatnich dwóch latach prowadził Espanyol Barcelona. Debiut jako szkoleniowiec Japonii Aguirre będzie miał 5 września w towarzyskim spotkaniu z Urugwajem.