Po Euro 2008 36-letni snajper zrezygnował z występów w drużynie narodowej, ale po tym, jak selekcjonerem został prezes Czesko-Morawskiego Związku Piłki Nożnej, Ivan Hasek, Koller zdecydował się wrócić do kadry przed meczem ze Słowacją. Czesi zremisowali prestiżowy mecz ze wschodnimi sąsiadami 2:2, a Koller został zmieniony w drugiej połowie przez Milana Barosa. Byłego napastnika AS Monaco zabraknie już w środowym meczu z San Marino. Reprezentacyjne konto Koller zamknął na 91 występach i 55 strzelonych bramkach. W drużynie narodowej zadebiutował w 1999 roku.