Napastnik był jedną z głównych postaci podczas mistrzostw świata w 1990 roku, kiedy Argentyna wywalczyła srebrny medal. Piłkarz nie mógł jednak zagrać w przegranym 0:1 finale z RFN z powodu kary za kartki. Caniggia w reprezentacji wystąpił 50 razy i strzelił 16 bramek. Swoją przygodę z piłką zaczął w 1985 roku w barwach River Plate Buenos Aires, a potem grał jeszcze w Hellas Weronie, Atalancie Bergamo, AS Roma, Boca Juniors Buenos Aires, Benfice Lizbona, Dundee, Glasgow Rangers i Qatar Club. W sumie w 457 meczach zdobył 122 gole.