Benaglio był pierwszym bramkarzem ekipy Szwajcarii w MŚ 2010 w Niemczech i MŚ 2014 w Brazylii (awans do 1/8 finału). Został także powołany na mundial 2006, ale wówczas był rezerwowym golkiperem. Jak podkreślił, teraz skoncentruje się na grze w Wolfsburgu i poświęci więcej czasu rodzinie. Pierwszym bramkarzem Szwajcarów zostanie prawdopodobnie Yann Sommer z Borussii Moenchengladbach (ostatnio w FC Basel).