"Biała Gwiazda" fazę grupową Pucharu UEFA zacznie od meczu z Blackburn na Reymonta. Potem zagra na wyjeździe z Nancy, u siebie z Basel, a zakończy podróżą do Rotterdamu. Broniąca tytułu FC Sevilla wystąpi w grupie C, a jej rywalami zostały: AZ Alkmaar, Slovan Liberec, Grasshopper Zurych i Sporting Braga. 40 drużyn, biorących udział w losowaniu, zostało podzielonych na osiem pięciozespołowych grup. Drużyny w grupie rozegrają tylko cztery mecze (terminy 19 października, 2 listopada, 23 listopada, 29-30 listopada i 13-14 grudnia), dwa razy będąc gospodarzami i dwa razy grając na wyjeździe, a raz pauzując. Awans wywalczą trzy drużyny z każdej grupy. Do tych 24 zespołów dołączy osiem, które zajmą trzecie miejsca w grupach Ligi Mistrzów i od tego momentu będzie obowiązywał system pucharowy. Ale to już w 2007 roku. Podział na grupy: Grupa A AJ Auxerre Glasgow Rangers Partizan Belgrad Livorno Maccabi Hajfa Grupa B Bayer Leverkusen Club Brugge Besiktas Stambuł Dinamo Bukareszt Tottenham Hotspur Grupa C FC Sevilla AZ Alkmaar Slovan Liberec Grasshopper Zurych Sporting Braga Grupa D FC Parma RC Lens SC Heerenven Osasuna Pampeluna Odense BK Grupa E 19 października Wisła Kraków - Blackburn Rovers FC Basel - Feyenoord Rotterdam 2 listopada Blackburn Rovers - FC Basel AS Nancy - Wisła Kraków 23 listopada Feyenoord Rotterdam - Blackburn Rovers FC Basel - AS Nancy 30 listopada AS Nancy - Feyenoord Rotterdam Wisła Kraków - FC Basel 13 grudnia Blackburn Rovers - AS Nancy Feyenoord Rotterdam - Wisła Kraków Grupa F Ajax Amsterdam Sparta Praga Espanyol Barcelona Austria Wiedeń Zulte Waregem Grupa G Panathinaikos Ateny PSG Rapid Bukareszt Hapoel Tel Awiw Mlada Boleslav Grupa H Newcastle United Celta Vigo Palermo Fenerbahce Stambuł Eintracht Frankfurt