Spotkanie w Madrycie nie było porywającym widowiskiem, bo obie drużyny już wcześniej zapewniły sobie awans. Gola dla "Koniczynek" zdobył w 34. minucie Dimitros Salpingidis, który ładnym strzałem w długi róg wykończył kontrę gości. Malarza po raz pierwszy pokonał w 75. minucie Luis Garcia. W doliczonym czasie gry Simao Sabrosa przymierzył nie do obrony z wolnego i polski bramkarz był bez szans. W grupie A awans zapewnili sobie piłkarze FC Nuernberg pokonując AE Larissę 3:1. Jednak pierwsze minuty meczu zapowiadały niespodziankę. Niemcy szybko stracili gola, ale tuż przed przerwą wyrównał Ivan Saenko, a w 57. minucie dał prowadzenie 16. zespołowi Bundesligi. Wynik ustalił Charisteas. W meczu AC Fiorentina - Mlada Boleslav sensacja wisiała na włosku. Gospodarze objęli prowadzenie dopiero tuż przed końcem pierwszej połowy i to po strzale z rzutu karnego. W 60. minucie Jan Rajnoch wyrównał, ale już po chwili Vieri strzelił gola na 2:1. W grupie B o tym, kto zajmie ostatnie miejsce premiowane awansem decydował mecz pomiędzy FC Aberdeen a FC Kopenhaga. Po pierwszej połowie był bezbramkowy remis, ale w drugiej gospodarze rozbili Duńczyków. Do trzech najlepszych drużyn z każdej z ośmiu grup dołączą zespoły, które zajęły trzecie miejsca w grupach Ligi Mistrzów: Glasgow Rangers, Sporting Lizbona, PSV Eindhoven, Slavia Praga, Olympique Marsylia, Rosenborg Trondheim, Werder Brema i Benfica Lizbona. Wyniki czwartkowych meczów: grupa A AZ Alkmaar - FC Everton 2:3 (1:2) Bramki: 0:1 Johnson (2.), 1:1 Pelle (16.), 1:2 Jagielka (44.), 2:2 Jaliens (65.), 2:3 Vaughan (79.). AE Larissa - FC Nuernberg 1:3 (1:1) Bramki: 1:0 Kozlej (11.), 1:1 Saenko (45.), 1:2 Mintal (57.), 1:3 Charisteas (73.). 1. FC Everton 4 4 0 0 9-3 12 awans 2. FC Nuernberg 4 2 1 1 7-6 7 awans 3. Zenit St. Petersburg 4 1 2 1 6-6 5 awans 4. AZ Alkmaar 4 1 1 2 5-6 4 5. AE Larissa 4 0 0 4 4-10 0 grupa B: Atletico Madryt - Panathinaikos Ateny 2:1 (0:1) Bramki: 0:1 Salpingidis (34.), 1:1 Luis Garcia (75.), 2:1 Simao (90. + 6). FC Aberdeen - FC Kopenhaga 4:0 (0:0) Bramki: 1:0 Ja. Smith (47.), 2:0 Ja. Smith (55.), 3:0 Antonsson (71. samobójcza), 4:0 Foster (83.). 1. Atletico Madryt 4 3 1 0 9-4 10 awans 2. Panathinaikos Ateny 4 3 0 1 7-2 9 awans 3. FC Aberdeen 4 1 1 2 5-6 4 awans 4. FC Kopenhaga 4 1 0 2 1-7 3 5. Lokomotiw Moskwa 4 0 2 2 4-7 2 grupa C: AEK Ateny - FC Villarreal 1:2 (0:1) Bramki: 0:1 Mavuba (40.), 1:1 Rivaldo (68.), 1:2 Tomasson (69.). AC Fiorentina - Mlada Boleslav 2:1 (1:0) Bramki: 1:0 Mutu (44. karny), 1:1 Rajnoch (60.), 2:1 Vieri (67.). 1. FC Villarreal 4 3 1 0 7-3 10 awans 2. AC Fiorentina 4 2 2 0 10-4 8 awans 3. AEK Ateny 4 1 2 1 4-4 5 awans 4. Mlada Boleslav 4 1 0 3 5-6 3 5. IF Elfsborg 4 0 1 3 3-12 1 grupa D: Hamburger SV - FC Basel 1:1 (0:0) Bramki: 0:1 Ergić (58.), 1:1 Olić (73.). Stade Rennes - Dinamo Zagrzeb 1:1 (0:0) Bramki: 0:1 Vukojević (57.), 1:1 Mbia (88.). 1. Hamburger SV 4 3 1 0 7-1 10 awans 2. FC Basel 4 2 2 0 3-1 8 awans 3. Brann Bergen 4 1 1 2 3-4 4 awans 4. Dinamo Zagrzeb 4 0 2 2 2-5 2 5. Stade Rennes 4 0 2 2 2-6 2 Końcowe tabele grup, w których mecze rozegrano w środę grupa E 1. Bayer Leverkusen 4 3 0 1 8-2 9 awans 2. Spartak Moskwa 4 2 1 1 4-3 7 awans 3. FC Zurich 4 2 0 2 4-7 6 awans 4. Sparta Praga 4 1 1 2 4-5 4 5. FC Toulouse 4 1 0 3 4-7 3 grupa F: 1. Bayern Monachium 4 2 2 0 12-5 8 awans 2. SC Braga 4 1 3 0 5-3 6 awans 3. Bolton Wanderers 4 1 3 0 5-4 6 awans 4. Aris Saloniki 4 1 2 1 5-8 5 5. Crvena Zvezda Belgrad 4 0 0 4 2-9 0 grupa G: 1. FC Getafe 4 3 0 1 7-5 9 awans 2. Tottenham Hotspur 4 2 1 1 7-5 7 awans 3. Anderlecht Bruksela 4 1 2 1 5-4 5 awans 4. Aalborg BK 4 1 1 2 7-7 4 5. Hapoel Tel Awiw 4 1 0 3 3-8 3 grupa H: 1. Girondins Bordeaux 4 4 0 0 9-5 12 awans 2. Helsingborgs IF 4 2 1 1 8-5 7 awans 3. Galatasaray Stambuł 4 1 1 2 6-5 4 awans 4. Panionios Ateny 4 1 1 2 4-7 4 5. Austria Wiedeń 4 0 1 3 1-6 1