W trakcie jego gry w Legii zdobywała mistrzostwo Polski, wicemistrzostwo kraju, Puchar Polski, a także Superpuchar. Początki Magiery w warszawskim klubie nie były łatwe. Ciężko mu było wywalczyć miejsce w podstawowym składzie. Jednak nie było trenera, u którego nie wykorzystałby danej mu szansy i za kadencji każdego z nich zdobywał miejsce w podstawowym składzie. Właśnie z częstochowianinem w swoich szeregach Legia zdobyła mistrzostwo Polski i Puchar Ligi w sezonie 2001/02, srebrny medal MP w sezonie 2003/04, Puchar Polski i Superpuchar Polski 1996/97, a także walczyła w europejskich pucharach. Łącznie Magiera rozegrał aż 232 mecze w barwach warszawskiej drużyny i zdobył dla niej 19 goli. Pod względem występów zajmuje wysokie 24 miejsce w historii Legii. Piłkarz zyskał również szacunek za swą postawę w stosunku do ludzi potrzebujących a także za wkład w kształcenie najmłodszych piłkarzy. Magiera nigdy nie stronił od wizyt w domach dziecka, szkołach i innych instytucjach związanych z wychowywaniem dzieci i młodzieży. Opiekował się też na swój sposób najmłodszym kolegami z drużyny, pilnując aby karierę sportową łączyli ze zdobywaniem wykształcenia. O odejściu Magiery zdecydowali właściciele klubu, którzy zimą planują kilka transferów i postanowili drastycznie "przewietrzyć" kadrę przed rundą rewanżową.