Nelson doznał przemieszczenia barku 2 lutego w wyniku zderzenia z jednym z zawodników Dallas Mavericks i od tego czasu znajduje się na liście kontuzjowanych graczy Magic. Po dwóch tygodniach bezskutecznych zabiegów mających przywrócić go do zdrowia, lekarze podjęli decyzję o interwencji chirurgicznej. W tym sezonie zawodnik Magic po raz pierwszy w karierze został powołany na mecz gwiazd - All Star Game. Zanim z gry wyeliminowała go kontuzja wystąpił w 42 spotkaniach swojego zespołu, zdobywając w nich średnio 16,7 punktu. Kłopoty zdrowotne Nelsona zmusiły właścicieli klubu z Orlando do znalezienia zastępstwa na końcówkę sezonu i play off; pozyskali z Houston Rockets Rafera Alstona, a oddali Briana Cooka oraz dwóch zawodników z minimalnym kontraktem: Mike'a Wilksa i Adonala Foyle'a, z którym o miejsce w składzie walczył Gortat. Koszykarze Magic, z dorobkiem 39 zwycięstw i 14 porażek, prowadzą w tabeli Souteast Division; w Konferencji Wschodniej zajmują trzecie miejsce, za Boston Celtics (44-12) i Cleveland Cavaliers (41-11).