Fuentes, podobnie jak czterech pozostałych oskarżonych, nie przyznał się do winy. Calero przedstawiła Fuentesa jako "duszę i ideologa" siatki zajmującej się dostarczaniem sportowcom środków dopingowych i przeprowadzaniem nielegalnych transfuzji krwi. W trakcie procesu Fuentes odrzucił oskarżenia. Zapewnił, że krew i plazma były zawsze przechowywane w idealnych warunkach i że żaden z jego klientów nie doznał uszczerbku na zdrowiu. Oprócz Fuentesa, na ławie oskarżonych zasiedli jego siostra Yolanda oraz byli szefowie grup kolarskich: Manolo Saiz, Vicente Belda i Jose Ignacio Labarta. Saiz, jeden z najbardziej znanych dyrektorów sportowych w hiszpańskim peletonie, prowadził przez wiele lat z sukcesami ekipę Once (później zmieniła nazwę na Liberty Seguros). Belda i jego asystent Labarta pracowali z zespołem Comunidad Valenciana (wcześniej znanym pod nazwą Kelme). Afera Puerto wybuchła w maju 2006 roku, kiedy to w dwóch mieszkaniach Fuentesa w Madrycie policja zarekwirowała aparaturę do nasycania krwi tlenem, około 200 pojemników z krwią i notatki z zaszyfrowanymi nazwiskami 58 klientów. Afera najmocniej uderzyła w środowisko kolarskie, choć - według zeznań Fuentesa - byli w nią zamieszani również piłkarze, lekkoatleci i bokserzy. Podczas procesu nie wymienił jednak żadnych nazwisk, a na większość szczegółowych pytań prokuratora odmówił odpowiedzi. Skutkiem afery Puerto było przyspieszenie zakończenie kariery przez znanego niemieckiego kolarza Jana Ullricha i dyskwalifikacje innych czołowych zawodników światowego peletonu, m.in. Ivana Basso, Joerga Jaksche, Michele Scarponiego i Alejandra Valverde. W jej kontekście padało również nazwisko dwukrotnego zwycięzcy Tour de France Alberta Contadora, ostatecznie oczyszczonego z zarzutów. Głównym świadkiem oskarżenia był były hiszpański kolarz Jesus Manzano, który startował w barwach grupy Kelme od 2004 roku. W śledztwie złożył obszerne zeznania na temat praktyk dopingowych. Przyznał się też, że sam stosował autotransfuzję, korzystając z zamrożonej własnej krwi.