Etap z włoskiej Verbanii do szwajcarskiego Verbier miał aż 218 kilometrów długości i prowadził przez Alpy, kończąc się trudnym podjazdem. Przez 190 km na czele znajdowała się dwójka kolarzy - Włoch Alessandro Bazzana i Kanadyjczyk Ryan Anderson, mając już ponad siedem minut przewagi. Uciekinierzy zostali doścignięci na finałowym podjeździe, a 6 km przed metą zaatakował Frank Schleck i szybko zyskał pół minuty przewagi nad czołową grupą. Kiedy do finiszu pozostało niespełna 2 km na kontratak zdecydował się Costa. 250 km przed metą doścignął Schlecka i wygrał z przewagą czterech sekund nad Luksemburczykiem. Po dwóch etapach Costa wyprzedza starszego z braci Schleków o 8 i Czecha Romana Kreuzigera o 15 sekund. Wyniki drugiego etapu (Verbania - Verbier, 218,3 km): 1. Rui Costa (Portugalia/Movistar) 6:21.13 2. Frank Schleck (Luksemburg/RadioShack) strata 4 s 3. Mikel Nieve (Hiszpania/Euskatel) 12 4. Giampaolo Caruso (Włochy/Katiusza) 13 5. Thibaut Pinot (Francja/FDJ) 13 6. Nicolas Roche (Irlandia/AG2R) 16 klasyfikacja generalna: 1. Rui Costa (Portugalia/Movistar) 6:31.22 2. Frank Schleck (Luksemburg/RadioShack) strata 8 s 3. Roman Kreuziger (Czechy/Astana) 15 4. Thibaut Pinot (Francja/FDJ) 19 5. Nicolas Roche (Irlandia/AG2R) 21 6. Thomas Loevkvist (Szwecja/Sky) 21